Si tenemos esté mensaje de advertencia en nuestro drupal 8 es tan fácil como ejecutar unas lineas de código:
Vía Drush
drush sql-query "DELETE FROM key_value WHERE collection='system.schema' AND name='module_name';"
Ejecutaremos esta linea en nuestra consola, simplemente agregaremos en name el modulo que nos esta provocando el error.
Vía Devel
$query = \Drupal::database()->delete('key_value')
->condition('collection', 'system.schema')
->condition('name', 'module_name')
->execute();
Al igual que con el ejemplo anterior, sustituiremos module_name por el nombre del módulo que este afectado.
Es necesario tener el modulo Devel y ejecutarlo esta linea en /devel/php