Una de las posibles causas por las que no aparecen los botones de acción del IMCE, entre ellos el botón de "Subir al servidor", si tenemos alguna implementación propia de librería JS (en el fichero script.js del tema por ejemplo).
En este caso tendríamos un error en la consola del navegador similar a:
Uncaught TypeError: $(...).ezMark is not a function
La solución pasaría por realizar la comprobación, en nuestro código, de que la librería está definida:
if ($.fn.ezMark) {...
*Ejemplo de una librería para personalizar los radios y los checkboxes en los formularios (ezMark).